День добрый.
Лучше оставить эту затею. Независимо от того повлияет это на работу вентиляции нижерасположенных квартир, или нет, Вас всё равно могут обязать восстановить всё в прежнее состояние. И, в принципе, будут правы. Вентиляцию запрещено уменьшать. Даже на чуть-чуть.